Nell’ambito di alcune tipologie di verde, l’agricoltura urbana consente la creazione di microhabitat in grado di favorire la presenza di specie animali e/o vegetali che in tali aree possono svolgere funzioni vitali (es. alimentazione, riproduzione, ecc.). Inoltre, l’agricoltura urbana può svolgere un ruolo importante nel sistema di gestione ambientale, contribuendo a contenere i problemi dei rifiuti trasformandoli in risorse produttive (compost, acque reflue).
Ovviamente gli spazi verdi sono importanti. Un’area con una grande variabilità di habitat avrà un grande numero di nicchie ecologiche che possono essere occupate da specie differenti e aumenterà così la biodiversità complessiva. Inoltre, per mantenere un’elevata biodiversità all’interno di una città, è necessario che le connessioni tra gli ecosistemi che la circondano e i suoi spazi verdi non siano interrotte. I parchi nelle città e gli orti urbani sono spesso di ridotte dimensioni, ma la diversità degli ecosistemi urbani può essere mantenuta favorendo la migrazione di organismi da aree urbane a all’esterno delle città.
La biodiversità non deve essere necessariamente rara per essere preziosa, il valore intrinseco di riferisce tanto alle specie comuni e diffuse, quanto a quelle rare.
Connettere gli ecosistemi frammentati aumenta la funzionalità ecologica nel suo complesso e, pertanto, per massimizza i servizi ecosistemici offerti.
Esistono modi diversi e innovativi per la connessione degli ecosistemi naturali, e gli orti urbani sono uno di questi. Esistono molte opzioni e metodi per massimizzare la produttività agricola anche nei minimi spazi anche laddove il suolo disponibile è carente. Orti sui tetti, nei terrazzi e balconi, persino sui davanzali, grazie all’uso di un’ampia gamma di contenitori (nuovi o riciclati) per ospitare terra e piante. Tanto i vasi nuovi quanto vecchi pneumatici, lattine, bottiglie di plastica, secchi, vasche da bagno, scatole, cassette per frutta, juta o sacchi (e l'elenco potrebbe continuare) possono essere ottimi per realizzare orti urbani (previa valutazione di assenza di rischi per la salute causati da cessione di sostanze dal contenitore alle piante coltivate).
Piantare piante autoctone nei parchi, ai bordi delle strade, sui tetti, sui balconi e in altre aree, realizzare orti urbani, anche di piccole dimensioni, costituisce una strategia per creare nuovi habitat per gli insetti impollinatori autoctoni come le api, che sono diminuiti in modo allarmante negli ultimi anni, sostenere la sopravvivenza di mammiferi, uccelli, rettili, anfibi, insetti e altri invertebrati.