L'agricoltura contribuisce anche a conservare molti ecosistemi specifici che altrimenti scomparirebbero con l'abbandono di determinate attività agricole.
L'importanza del mantenimento delle pratiche agricole tradizionali per la conservazione della biodiversità sia domestica (specie, varietà e razze animali e vegetali) sia selvatica è testimoniata dal 92% del territorio europeo occupato da aree rurali e da circa il 50% delle specie animali minacciate o in declino in varia misura dipendente dagli ambienti agricoli.
In Europa due fattori di cambiamento nelle pratiche agricole hanno sconvolto l'equilibrio tra agricoltura e biodiversità: l'intensificazione della produzione e la sottoutilizzazione del suolo. I profondi cambiamenti che almeno negli ultimi 50 anni hanno interessato l'uso del suolo e le strutture delle aziende agricole sono stati la causa diretta o indiretta di una notevole riduzione o perdita della biodiversità.
Numerosi studi scientifici dimostrano chiaramente il nesso tra alcune pratiche agricole e la ricchezza di biodiversità riscontrabile nei sistemi agricoli tradizionali europei.
Un esempio è rappresentato dall'habitat dei prati-pascolo con le "magnifiche fioriture di orchidee su substrato calcareo" diffuso nel nostro Appennino ed identificato dall'Unione Europea tra gli habitat meritevoli di conservazione (Direttiva UE Habitat). Si tratta di un habitat naturale la cui formazione e mantenimento dipendono direttamente dalla presenza di un'adeguata pressione del pascolo. La permanenza di un allevamento estensivo impedisce infatti a questo ambiente di evolvere in pascoli cespugliati e bosco, con la conseguente scomparsa dell'insieme di specie vegetali ed animali legate a questo habitat.
La biodiversità agricola, un aspetto della biodiversità in generale, è essenziale per soddisfare i bisogni fondamentali della popolazione umana in termini di sicurezza alimentare. Sono circa 7.000 le specie vegetali utili per l'alimentazione, ma solo 150 vengono utilizzate dall'agricoltura moderna. Le conoscenze locali e le tradizioni culturali formano parte integrante della gestione della biodiversità agricola. L'uso della biodiversità in ambito agricolo consente dunque di creare nuove varietà vegetali e animali per ottenere obiettivi economici, sanitari, tecnici ed ecologi.